Vooruitlopend op de invoering van de Wet IB 2001 is de landbouwvrijstelling gewijzigd op 26 juni 2000. De landbouwvrijstelling bepaalt dat de waardeontwikkeling van landbouwgrond als zodanig niet belast is. De Hoge Raad heeft in 2004 een drietal arresten gewezen over het bouwen van een woonhuis op grond van een landbouwbedrijf. De arresten hebben betrekking op de oude landbouwvrijstelling. De strekking van deze arresten is dat ook onder de oude landbouwvrijstelling grond aan het landbouwbedrijf is onttrokken wanneer daarop een woning wordt gebouwd. Onder de huidige regeling is de landbouwvrijstelling evenmin van toepassing in een dergelijke situatie. Naar aanleiding van deze arresten heeft de staatssecretaris van Financiën in een besluit uit 2006 agrarische ondernemers de mogelijkheid gegeven om hun tot het ondernemingsvermogen behorende woning te 'heretiketteren' door deze tot het privévermogen te rekenen per 31 december 2005. Agrarische ondernemers die van de mogelijkheid gebruik wilden maken moesten uiterlijk 30 juni 2006 hun keuze kenbaar maken aan de bevoegde inspecteur van de Belastingdienst. Volgens het besluit kon de landbouwvrijstelling worden toegepast op het verschil tussen de waarde in het economische verkeer bij agrarische bestemming (WEVAB) cultuurgrond en de WEVAB bouwgrond.

Een procedure voor de Hoge Raad ging over de vraag of met een beroep op het gelijkheidsbeginsel de regeling van het besluit ook mag worden toegepast wanneer niet een bestaande woning aan het ondernemingsvermogen wordt onttrokken, maar cultuurgrond aan het ondernemingsvermogen wordt onttrokken om daarop een nieuwe woning te bouwen of wanneer cultuurgrond wordt verkocht aan een medefirmant als het gaat om tot het ondernemingsvermogen van firmanten behorende cultuurgrond. De Hoge Raad is van oordeel dat dit mogelijk is.